与雅虎经历了一个多月的纷争之后，阿里巴巴集团董事局主席马云6月2日在D9数字大会亮相解释支付宝事件：“我听到很多类似‘偷’这样的字眼。有这么多人关注着我们，怎么可能做到？这就好比在联合国进行的和平谈判。董事会说不知道这个事情是完全不可能的。”
雅虎5月11日披露，阿里巴巴集团已将支付宝的所有权转让给了马云控股的浙江阿里巴巴电子商务有限公司。按雅虎的说法，支付宝的转让并未得到阿里巴巴董事会及股东的批准，作为阿里巴巴大股东的雅虎只是在交易完成多时后，才于今年3月31日“被告知”的。
支付宝也随即发表声明，反驳了雅虎的说法，为了确保支付宝可以在国内拿到第三方支付的牌照，将支付宝70%的外资股权转入到一家独立的中国公司，是早在2009年7月进行的阿里巴巴董事会上便确定的事情，而当时雅虎是在场的。
按道理，双方都是有头有脸的大公司，犯不着在这种事情上撒谎。那么这个过程之中肯定有部分出了问题。看起来更像是阿里巴巴给雅虎出了一个大难题，如果雅虎提前获知交易的消息，完全可以从容应对，而不会导致股价暴跌。
不过从双方披露的消息看，第二次股权转移是否在董事会上有明确意见，尚存疑问。阿里巴巴的声明提到了“在2009年7月召开的董事会上，阿里巴巴集团董事会讨论并确认了支付宝的70%股权已转入一家独立的中国公司”，但是并未提到2010年8月进行的涉及30%股权的第二次交易，这很可能是双方的争议点。
依据披露的数据，雅虎持有阿里巴巴39%股份，软银持有阿里巴巴29.3%股份，马云及管理层持股31.7%。这样的股权结构仍然是属于三方相互牵制，联合任意两方都能够获得绝对优势，整个阿里巴巴是属于所有股东共同所有，但雅虎与软银绝对是毋庸置疑的大股东。
与阿里巴巴的其他业务一样，支付宝原本是属于阿里巴巴的全资控股子公司，所以阿里巴巴股东的权益也会在支付宝上得到继承，支付宝是属于所有阿里巴巴股东共同所有，雅虎与软银也是支付宝的大股东。
雅虎与软银都不是易与之辈，马云也不是莽撞之徒，双方当然不会认为对方就会这么轻易放过自己。
“如果说董事会不知道这个事情，我们悄悄就给办出去了，这事有人会信吗？”马云在阿里巴巴年度股东大会上戏谑地反问。我信马云的这番话，第一他不敢，第二他没必要。但知情和同意之间是有巨大差别的。
2009年由央行制定的《非金融机构支付服务管理办法》出台，其中规定必须是中资企业。而此前支付宝是外资独资企业。支付宝想要拿到牌照，就必须要进行股权重组，变成中外合资或中资企业。但软银和雅虎都提出了另一个更属意的“协议控制”方案(“VIE”模式)，即成立纯内资的企业获取运营牌照，用外资公司通过相关协议(而不是股权)实际控制内资公司。但这个方式被马云以不符合第三方支付的监管要求拒绝，他以另两个股东“不作为”为由，决定独自“把这件事情推进下去”。
如果依据马云方面披露的信息来还原当时的情景，支付宝想在第一批拿到牌照，就必须全内资而且不能采用“协议控制”，于是有了第二次的30%股权的转移。
对于马云和淘宝，支付宝不可能等到谈判完成后再转移，否则黄花菜都凉了。支付宝也如愿在今年5月26日，拿到了央行对电子支付企业第一批发放的“支付业务许可证”。
面对既成事实，根据马云方面最新的消息是，针对支付宝转让之后的补偿，马云和雅虎之间持续半个月的谈判已经“接近达成协议”。这个协议的两大方向是：第一，确保支付宝和淘宝之间的稳定架构不会受到转让的影响；第二，则提到了“现金”补偿。
和外界猜测的不同，协议中的现金补偿并不是以一次性补偿的方式，而是“将基于支付宝未来可能产生的其他收益”。换言之，尽管丧失了股权，雅虎将继续享有支付宝未来收入的分成，具体比例不详。
但这个协议仅限于马云和雅虎之间，阿里巴巴集团的第二大股东软银还没有松口。据接近马云方面的人士透露，软银社长孙正义对于失去支付宝反应强烈，甚至拒绝参与补偿谈判或对目前的谈判方案表态。
阿里巴巴集团董事会目前共拥有4名董事，包括代表阿里巴巴集团管理层的马云和蔡崇信，美国雅虎的杨致远以及日本软银的孙正义。也就是说，在阿里巴巴集团董事会中，目前已经有三席就支付宝事件表达了继续深入谈判并遵守中国法律的意愿。孙正义坚持的依然是“协议控制”的方式。马云对此的反应也十分强烈，称：“我记得15年前，有人告诉我们做生意要遵守法律，今天他们却叫我们绕开法律。在阿里巴巴，我们一定要遵守国家法律。”
