同雅虎与软银交易及协议
股东协议
公司、软银以及雅虎在2005年10月24日签署了一项股东协议，该协议后被2012年9月18日的一项新协议取代，旧协议随之终止。该协议规定了与股东权利、企业治理安排以及其他相关义务有关的事项。在此次发行完成后，此协议规定下的部分股东权利，包括与出售或转移公司股份相关的优先权(right of first offer)、跟随权(tag-along right)以及优先认购权(preemptive right)都将终止。
投票协议
在交易完成时，公司将同马云、蔡崇信、软银以及雅虎签订一项投票协议。该协议将保证软银有特定的信息权，并有权向董事会提名一位董事。当软银持股低于发行股份的15%时，投票权将终止。此外，该投票权还规定：
软银同意在每年的年度股东大会上投票赞同阿里巴巴合伙人董事提名;在没有和马云及蔡崇信取得一致意见的情况下，不投票反对任何阿里巴巴合伙人提名的董事;将超过公司发行普通股30%比例股票代表的投票权进行委托，支持马云与蔡崇信的投票。
在每年的年度股东大会上，马云和蔡崇信将用所持股票以及其他所持带有投票权的股票支持软银的董事候选人当选。
在每年的年度股东大会上，雅虎同意投票支持所有阿里巴巴合伙人提名董事以及软银提名董事当选。
与雅虎签订的技术与知识产权授权协议
双方在2005年10月24日签订了一项技术与知识产权授权协议，后在2012年9月18日对协议进行了修改和重申，这就是与雅虎相关的技术及知识产权许可协议(TIPLA)。雅虎允许公司使用某些特定的知识产权。鉴于雅虎TIPLA批准的权利，以及后在2012年9月18日做出的修改，公司向雅虎支付了5.5亿美元的款项，并同意从2006年1月1日开始，到2012年12月31日截止，每年向雅虎支付等同于公司合并营收2%的年费。并同意从2013年1月1日，到此次发行完成截至，向雅虎支付等同于1.5%合并营收的费用。此后无需再缴纳年费。截至2012年3月31日，2013年3月31日的年度中，以及截至2013年12月31日的9个月中，年费金额分别为3.58亿元人民币、5.92亿元人民币(约合9500万美元)以及5.76亿元人民币(约合9300万美元)。
专利出售与委托协议
在截至2013年12月31日的9个月中，公司与雅虎签订了一项专利出售与委托协议。按照协议，公司以总计7000万美元的价格收购了某些专利的所有权。
从雅虎回购普通股
2012年5月20日，公司和雅虎签订了一项股票回购与优先股出售协议，并在2013年12月13日进行了修改。协议规定了我们从雅虎回购，以及进一步回购的条款，或雅虎在符合一定规格的首次公开发行中(例如这次)，出售公司的普通股。
2012年9月18日，公司以每股13.5414美元的价格，以70.82亿美元的总金额从雅虎回购了523,000,000股普通股。在这次回购之后，雅虎拥有公司523,565,416股普通股，约占公司当时发行在外股本的24%。公司支付了62.82亿美元现金，并向雅虎发行了价值8亿美元的可强制赎回优先股，即雅虎优先股。公司基于平等原则与雅虎协商了雅虎优先股的条款。2013年5月16日，公司使用贷款赎回了全部雅虎优先股。
按照修正后的协议，雅虎可以在此次发行中向公众出售208,000,000股普通股(修正前为261,500,000股普通股)，或者选择使用发行收益向我们出售同等数量的普通股。
在软银与雅虎以及承销商签订的与此次发行相关的锁定协议过期后，软银与雅虎有资格按照注册权协议行使注册权。
与阿里小微金融服务集团及其子公司相关的协议与交易
支付宝与小微金融服务集团的所有权
公司在2004年12月建立了支付宝，提供支付服务。2011年，由于中国人民银行下发规定，网络支付企业必须持牌照在中国运营业务。监管方案规定了业务范围，国外投资者以及外资比例必须符合一定标准，且这些标准还将受制于未来其他的监管方案。当牌照首次颁发时，尚无与国外所有的支付公司相关的额外规定到位。管理层决定有必要让支付宝成为一家完全归中华人民共和国国民所有的公司，从而获取相应牌照。相应的，公司重组了之前的支付宝所有权结构，取消了其中外资所有权。
在支付宝分离后，其母公司浙江阿里巴巴电子商务有限公司，即小微金融服务集团的所有权结构也发生了改变。马云拥有该公司绝大多数投票权，而直接持有的权益为很少。剩余的权益由一个特殊目的合伙企业持有。公司以及小微金融服务集团，包含支付宝中作为该企业合伙人的员工，以及作为该企业合伙人的阿里巴巴合伙人是该企业的有限合伙人。该企业归马云全资所有，马云是一般合伙人。马云已经通过书面方式向公司董事会承诺，在小微金融服务集团进行首次公开发行之时，将其在小微金融服务集团中的直接与间接经济权益缩小到一个不超过公司上市前他在公司中所持权益的比例。
在支付宝拆分后不久，公司签署了一项框架协议、一项商务协议以及一项知识产权与技术协议。协议内容如下。这些协议将共同规范公司与小微金融服务集团以及支付宝的财务与商业关系。
框架协议
公司与支付宝的关系主要通过2011年7月29日签订的框架协议规定。该协议后在2012年11月15日进行了修改，后又在2014年5月3日进行了修改。涉及到公司本身、雅虎与软银。
在与支付宝相关的特定清偿事件发生时(这包括特定情况下的支付宝首次公开发行，转移支付宝37.5%或更多股权，或出售全部或绝大部分支付宝资产)，小微金融服务集团将向公司支付相当于支付宝在此种清偿事件中获得股权价值的37.5%的金额，最低支付20亿美元，最多支付60亿美元。如果最初协议签订六年内没有清偿事件发生，或者没有清偿事件支付，具体金额取决于特定的增长与额外的支付。如果最初协议签订十年内没有清偿事件发生，公司将有权要求支付宝尽快启动清偿事件，条件是支付宝当时的股权价值或企业价值超过了10亿美元。如果公司要求进行清偿事件，上述20亿美元的最低数额则不适用于清偿支付，除非清偿事件中支付宝的股权转移超过了37.5%。在清偿事件与特定其他支付中全额支付的金额，公司过去保留的资产与知识产权将被转移到支付宝。在框架协议签订七年内发生的非清偿事件中，小微金融服务集团或APN Ltd.将在第七年时像我们支付5亿美元，这一金额将被记入在未来发生的清偿事件支付中。
此外，按照框架协议，马云与蔡崇信分别向APN.Ltd.提供了自己持有的35,000,000股和15,000,000股普通股，并抵押了他们在APN.Ltd.中的股票。APN.Ltd.是这两人建立并所有的特别目的载体(SPV)。同时APN.Ltd.抵押了所持的我们的普通股，用以担保清偿事件支付款项，以及支付宝、小微金融服务集团以及协议中特定其他方的其他特定支付义务。另外，APN.Ltd.同意按照框架协议与小微金融服务集团联合承担向我们的支付义务，最高为5亿美元。
按照框架协议，与支付宝签订的框架协议、商业协议以及知识产权与软件技术服务协议下的特定行为与事件，有待公司中由雅虎与软银指定的董事批准。在此次发行完成时，软银有权向公司董事会提名一位董事。
与执行董事长相关实体的交易
在2013年3月26日，公司与董事长马云签署协议，以4970万美元现金收购公司在一架商用飞机中的权益，这是该飞机最初购买的价格。这架飞机后被免费回租给我们，主要由马云做公务之用。
与执行董事长相关投资基金的关系
在云锋基金支持的投资基金中，其一般合伙人是数个实体，马云拥有这些实体40%的权益。云峰基金过去与公司以及第三方进行过联合投资，例如近期对优酷土豆以及中信21世纪的投资。该基金未来也有可能以同样方式进行投资。
马云对阿里巴巴集团的承诺
公司执行董事长马云已经向董事会成员做出如下书面承诺：
他有意逐渐减少在小微金融服务集团中持有的直接或间接经济权益，直到保证在公司首次公开发行前，他在小微金融服务集团中权益所占比例不超过他以及他的关联方在公司中所占权益。马云与其关联方不会在这种减持中获得任何经济收益;
马云已签署协议，将把在云锋基金所占40%权益的可能所得，捐赠给阿里巴巴基金会;
如果公司要求，而马云仍担任阿里巴巴高管，他就将在投资实体、股份公司以及可变利益实体(VIE)中代表我们的合法所有权。在这种情况下，他将放弃从这种所有中获得的全部经济收益，并在法律许可的情况下，将这种收益转给阿里巴巴公司。
