自苹果发布正式版 iOS 9.3 系统以来，已经出现了两个比较明显的故障，尽管如此，应用分析公司 Apteligent 认为，iOS 9.3 确实是近年来新发布的 iOS 中最稳定的版本。
之所以这么说，依据是 Apteligent 在 iOS 9.3 发布后对系统崩溃率进行了统计，发现 iOS 9.3 的系统崩溃率平均只有 2.2%，高于崩溃率为 2.6% 的最新版谷歌 Android 系统。
作为对比，在 3 月份其它 iOS 版本的崩溃率就高得多了，特别是 iOS 8、iOS 9 和 iOS 9.2，如图所示它们的崩溃率最高已经突破 3.2%。值得注意的是，图表中所有的 iOS 版本几乎在同一时间内崩溃率达到最高峰值。
iOS 9.3 已知有两个主要故障，一是升级后设备激活失败，另一个是 Safari 浏览器内无法打开网页链接，第一个问题已经在最新版的 iOS 9.3 中得到修复，而网页链接问题苹果方面也已经意识到了，并承诺会尽快发布软件更新以解决。
